世界新消息丨序列比对得分_序列比对结果分析

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1、最上面的slow或者fast选项：这个是根据对比对结果的精度和速度平衡进行取舍的，如果比对序列较多，如1000条，当然选后者了，一般选slow就行，比对精度要高一些；gapopen指起始空位罚分，gapextension指沿着gapopen继续出现gap的罚分。

2、比如出现一个氨基酸的空位就是gapopen，给一个罚分，紧接着这个gap还有第二个第三个氨基酸空位，这后两个就是gapextension，每一个再给一个罚分，这样因为gap（氨基酸空缺）造成的同源性下降值就是两者罚分相加。

3、一般给gapopen罚分高，给gapextension罚分低，增加起始空位罚分的数值可以减少空区的数量，增加延伸空位罚分的数值可以减少插入空区的长度；后面的noendgaps选择no即表示由末尾长度不一致导致的空位不算入罚分内。

4、proteinweightmatrix指蛋白质权重矩阵，考虑的是同一位置中不同残基替代对序列结构与功能的不同影响，可以提高同源分析的敏感性与准确性。

5、blosum系列矩阵适合于对数据库进行同源性检索；pam系列矩阵，gonnet系列矩阵参考的数据依次要求增高。

6、大部分参数默认就好了，需要说明的是clustering，这里表示绘制tree的方法，这里是这个程序的默认方法，即NJtree，这种方法要求比对的序列同源性较好，如果相似性很低，就会出现长支吸引现象，影响同源性分析的准确性。

7、同源性分析是个很复杂的问题，没有人能保证100%的预测准确的。

8、sogoodluck~。

关键词： 空位罚分 序列同源性 精度和速度